Sanktuarium w Świętej Lipce to kompleks klasztorny składający się z kościoła, krużganków i zabudowań klasztornych. Na dziedziniec prowadzi ręcznie kuta brama z motywem liści akantu, wybitny zabytek sztuki kowalskiej z lat 30-tych XVII w., dzieło Jana Schwartza z Reszla. Warto zwrócić uwagę na cykl czterdziestu czterech figur kamiennych umieszczonych nad krużgankiem zachodnim. Rzeźby autorstwa Krzysztofa Pervangera z Tolkmicka przedstawiają przodków Chrystusa od Abrahama do św. Józefa. 28 figur stoi w dwóch rzędach na dachu krużganków, a 16 w niszach kaplic narożnych. Na filarach bramy stoją figury tworzące grupę Zmartwychwstania.
Przed wejściem do świątyni warto zwiedzić otaczające kościół krużganki. W części zachodniej i północnej zdobią je freski Macieja Meyera z Lidzbarka. Są to sceny ze Starego, a na ścianach z Nowego Testamentu. Niestety nie oparły się one wpływowi czasu i pogody, są one stale odrestaurowywane. Na ścianach wiszą drewniane stacje drogi krzyżowej z II połowy XIX wieku. Freski Meyera pokrywają również mieszczące się w narożnikach cztery kaplice: Trójcy Świętej, Trzech Króli, św. Andrzeja Boboli i św. Wojciecha. Przestrzeń między krużgankami a świątynią to teren dawnego cmentarza przykościelnego. W 1949 roku nagrobki przeniesiono na nowy cmentarz. Pozostawiono cztery rzeźby kamienne.
Niezatarte wrażenie sprawia fasada bazyliki, we wnęce której umieszczono symbol sanktuarium, figurę Matki Boskiej na lipie. W niszach wież stoją rzeźby pierwszych jezuitów, św. Ignacego i św. Franciszka Ksawerego. Na gzymsie nad kolumnami umieszczono posągi ss. Piotra i Pawła.
Późnobarokowy portal głównego wejścia prowadzi do wnętrza. Początkowo nie planowano pokrycia freskami wnętrza kościoła. Jednak dzięki wsparciu finansowemu biskupa Teodora Potockiego zauroczonego pięknem kościoła postanowiono pokryć całe wnętrze polichromiami. Freski na sklepieniach chóru i nawy głównej to apoteoza Matki Boskiej. Warto zwrócić uwagę na freski na ścianach i filarach ilustrujące sceny z dziejów sanktuarium, a wśród nich wyobrażenia wiernych przybywających do Świętej Lipki. Freski Macieja Meyera zdobią również sklepienia i ściany naw bocznych świątyni. Całą płaszczyznę prezbiterium zajmuje bogato zdobiony ołtarz główny. W jego dolnej kondygnacji znajduje się obraz Matki Boskiej Świętolipskiej w srebrnych sukienkach z 1719 roku. Obraz z 1640 roku pędzla Bartłomieja Pensa z Wilna jest dość swobodną kopią obrazu Matki Bożej Śnieżnej z kościoła Santa Maria Maggiore w Rzymie. Pod obrazem znajduje się tabernakulum wykonane przez złotnika Samuela Grewe z Królewca. Górne obrazy to Nawiedzenie i Wniebowstąpienie Matki Bożej.
Przy pierwszym filarze lewej nawy od strony ołtarza stoi stylizowany pień lipy z 1728 roku ze srebrną figurą Madonny z Dzieciątkiem ufundowaną wcześniej przez jezuitę Jakuba Marquardta w 1652 roku. Prawdopodobnie jest to miejsce, gdzie w średniowieczu stała lipa, która dała początek sanktuarium. Warto zwrócić uwagę na ambonę zdobioną scenami z Nowego i Starego Testamentu, oraz na sześć ołtarzy bocznych. Nawy boczne pokryte są freskami przedstawiającymi na sklepieniach cykl Męki Pańskiej, pod oknami sceny z życia Matki Boskiej oraz sceny z historii sanktuarium w formie owalnych obrazów wokół okien i na filarach.
Ozdobą wnętrza świątyni są świętolipskie organy. Instrument ten został zbudowany w latach 1719-1721 przez Jana Mosengela, organmistrza z Królewca. Już wtedy były zaliczane do jednych z najlepszych instrumentów organowych, a także do jednych z najokazalszych. Bogato zdobiony prospekt zwieńczają wieże, na których umieszczone są figury grających aniołów, Najświętszej Marii Panny oraz Archanioła Gabriela. wraz z gołębiem symbolizującym Ducha Świętego przedstawiają scenę Zwiastowania. Figury wraz z gwiazdami i dzwonkami mogą być wprawiane w ruch podczas gry na organach. Instrument został przebudowany na początku XX wieku, a po zniszczeniach z lat 1944-45 odrestaurowany. Obecnie organy są jedną z głównych atrakcji turystycznych kościoła. W czasie sezonu letniego co godzinę odbywają się prezentacje instrumentu, a od 1989 roku w każdy piątkowy wieczór lipca i sierpnia kościół rozbrzmiewa muzyką podczas Świętolipskich Wieczorów Muzycznych, przyciągając wielu turystów.
Po zwiedzeniu kompleksu klasztornego warto udać się na spacer szosą prowadzącą do rozwidlenia dróg w kierunku Reszla i Mrągowa. Rozciąga się stąd piękny widok na kompleks klasztorny i sąsiadujące z nim jezioro. Można również udać się na dłuższą przechadzkę drogą w kierunku Reszla szlakiem dawnego traktu pielgrzymkowego. Zdobią go XVII-wieczne przydrożne kapliczki, stacje drogi różańcowej.
